PCR-RFLP-SSCP及測序用于霍亂弧菌ctx-AB基因多態(tài)
建立PCR-RFLP-SSCP及測序方法,用于分析霍亂弧菌腸毒素AB(ctx-AB)基因多態(tài)性。針對ctx-AB基因設計引物,擴增片段為528bp,包括ctx-B編碼基因375bp,引物序列為5′-GGT GTA AAA TTC CTT GAC G-3′和5′-GGT TCG ATG ATG AGA AGC-3′。PCR產物經RsaⅠ酶切為317bp和211bp 2個片段。對酶切產物進行單鏈構象多態(tài)性(SSCP)分析,銀染色法顯示結果。對不同SSCP類型測序,利用PCR方法直接對PCR產物測序。
霍亂弧菌O1群古典型(CVC)標準株569B和16017,埃爾托型(EVC)標準株919,O139群標準株MO45,EVC80株(廣東省90年代病人分離株),O139群10株(廣東省90年代病人分離株),由廣東省和廣州市衛(wèi)生防疫站提供。PCR擴增ctx-AB基因,上述菌株均產生1條約528bp的片段,擴增產物經RsaⅠ內切酶消化后,在2%瓊脂糖凝膠上電泳,均可見1條約317bp的片段和1條約211bp的片段。酶切產物經SSCP分析,分為A和B兩個類型,CVC、EVC和O139群標準株均為A型,80株EVC(廣東省分離株)中8株為A型,其余為B型;O139群(廣東省分離株)均為A型。進一步測序表明兩類型基因序列有3個位點不同,以ctx-B基因的起始堿基定位為1,其下游序列為正,上游序列為負,兩類型在103、115和203位點堿基不同,A型為A、C和C(相應位點編碼的氨基酸為Asp、Tyr和Ile),B型為G、T和T(相應位點編碼的氨基酸為Asn、His和Thr)。與基因庫中霍亂弧菌的ctx-AB基因序列比較,B型103位點與國外報道的序列均不同,可能為廣東地區(qū)菌株*的突變。PCR-RFLP-SSCP及測序方法快速、簡便、準確、經濟,適用于對大量標本某重要基因多態(tài)性的研究