淺談RT-PCR實(shí)驗(yàn)方法中常見(jiàn)污染問(wèn)題及對(duì)策
李軻反轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)是一種體外核酸擴(kuò)增技術(shù),它具有特異、敏感、快速、簡(jiǎn)便、重復(fù)性好、易自動(dòng)化等突出優(yōu)點(diǎn),能在幾個(gè)小時(shí)內(nèi)完成從一根毛發(fā)、一滴血、甚至一個(gè)細(xì)胞中擴(kuò)增出足量的目的產(chǎn)物供分析研究和檢測(cè)鑒定,所以近年來(lái)RT-PCR技術(shù)被廣泛應(yīng)用于人和動(dòng)物的多種傳染病早期診斷。
筆者一直從事實(shí)驗(yàn)室動(dòng)物疫病檢測(cè)工作,現(xiàn)就應(yīng)用RT-PCR實(shí)驗(yàn)方法過(guò)程中出現(xiàn)的一些常見(jiàn)污染問(wèn)題做如下論述,僅共同行參考和探討。 RT-PCR實(shí)驗(yàn)有三步:提取RNA、反轉(zhuǎn)錄(RT)、PCR擴(kuò)增及擴(kuò)增產(chǎn)物分析,在這一過(guò)程中,zui令人頭痛的問(wèn)題是易污染,極其微量的污染即可造成假陽(yáng)性。
污染原因主要有以下幾個(gè)方面:
1、樣品間的交叉污染收集樣品的容器使用一次性的,如重復(fù)使用,應(yīng)在使用前應(yīng)于180℃的高溫下干烤6小時(shí)或更長(zhǎng)時(shí)間;樣品存放時(shí)要密封嚴(yán)實(shí),以防外溢造成相互間的交叉污染;樣品在提取過(guò)程中離心管及吸樣槍頭使用一次性的,以免不同實(shí)驗(yàn)樣品間相互污染;由于吸樣槍污染會(huì)導(dǎo)致樣品間的污染,也是一個(gè)值得注意的問(wèn)題,由于操作不慎將樣品或提取物吸入槍內(nèi)或粘上槍頭是一個(gè)嚴(yán)重的污染源,因而加樣或吸取時(shí)要十分小心,吸時(shí)要慢,吸取盡量一次性完成,忌多次抽吸,以免交叉污染或產(chǎn)生氣溶膠污染;同時(shí)要注意操作時(shí)不要?jiǎng)×业負(fù)u動(dòng)反應(yīng)管,開(kāi)蓋時(shí)也容易造成氣溶膠污染。若產(chǎn)生氣溶膠較多,會(huì)造成環(huán)境污染,不僅會(huì)導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗,而且也會(huì)損害操作人員身體健康,因此每次實(shí)驗(yàn)完畢都要及時(shí)清理實(shí)驗(yàn)臺(tái)面,用0.5%次氯酸鈉消毒后再打開(kāi)紫外燈照射半小時(shí)。
2、RT-PCR本身使用的試劑污染在試劑配制過(guò)程中,由于加樣槍、容器及其它溶液被污染。因此所有試劑都應(yīng)盡量小量分裝,以減少重復(fù)加樣次數(shù),避免污染機(jī)會(huì),另外RT-PCR試劑應(yīng)盡可能密封好分類存放。每次操作完畢后同樣要進(jìn)行臺(tái)面消毒和紫外線照射消毒。
3、擴(kuò)增產(chǎn)物的污染這是實(shí)驗(yàn)中zui常見(jiàn)的問(wèn)題,極微量的擴(kuò)增產(chǎn)物污染就可造成假陽(yáng)性,每次實(shí)驗(yàn)完后,擴(kuò)增產(chǎn)物都要及時(shí)密封后處理。在做RT-PCR實(shí)驗(yàn)時(shí),一般都應(yīng)設(shè)陽(yáng)性對(duì)照,操作不慎,污染可能性很大,因而當(dāng)某一RT-PCR試劑經(jīng)自己使用穩(wěn)定,檢驗(yàn)人員經(jīng)驗(yàn)豐富心中有數(shù)時(shí),在以后的實(shí)驗(yàn)中可免設(shè)陽(yáng)性對(duì)照,或間隔性設(shè)陽(yáng)性對(duì)照,以減少污染機(jī)會(huì)。
4、操作人員污染只要存在少量的RNA酶就會(huì)引起RNA的降解,從而影響結(jié)果的準(zhǔn)確性,RNA酶可存在操作人員手汗、唾液中,也可灰塵中,一旦器械、玻璃制品、塑料制品受到污染,容易造成實(shí)驗(yàn)失敗,因此操作人員應(yīng)戴一次性口罩、帽子、手套,實(shí)驗(yàn)過(guò)程中手套要勤換,。設(shè)置PCR操作實(shí)驗(yàn)室,所用實(shí)驗(yàn)用具應(yīng)為,并合理分隔實(shí)驗(yàn)室,將樣品的提取、配制RT-PCR反應(yīng)液、PCR循環(huán)擴(kuò)增等步驟分室進(jìn)行,實(shí)驗(yàn)前應(yīng)將實(shí)驗(yàn)室及實(shí)驗(yàn)人員工作服用紫外線或臭氧消毒以破壞殘留的DNA或RNA。任一種科學(xué)的實(shí)驗(yàn)方法都有其自身完善和發(fā)展的過(guò)程,RT-PCR方法也不例外,在檢測(cè)質(zhì)量能保證的情況下,若能簡(jiǎn)化樣品提取步驟或縮短其時(shí)間,減少擴(kuò)增循環(huán)次數(shù),都能對(duì)防止污染有利。
總之,RT-PCR不管從特異性方面還是從靈敏性方面講都具有難以匹敵的優(yōu)勢(shì),結(jié)果的可靠性和可信性應(yīng)該是的,是較具性的檢測(cè)方法,我們期待著它能盡快地自身完善和發(fā)展。